El Estany de Sils es una área de notable interés paisajístico y extremadamente singular dentro de un ambiente predominantemente mediterráneo.
En el paisaje vegetal actual dominan las zonas boscosas mixtas de ribera con algún claro de alisar, así como notables fragmentos de vegetación aguanosa que ocupan los lugares inundables, como berros, carrizales, espadañas, comunidades de lentejas de agua y herbazales de ciperáceas y juncáceas.
El conjunto de las comunidades vegetales acuáticas o higrófilas constituyen un importante vestigio de la vegetación primitiva que ocupaba estas tierras lagunares. Es destacable la presencia del martagón, el galanto y la anémona de bosque.
En algunos de los casos estas comunidades son bastante singulares y no se encuentran representadas en otros humedales de Cataluña. Hay que hacer mención, pero, de la especial fragilidad de estos sistemas naturales, vulnerables ante cualquier acción perturbadora del medio.