La vegetación de ribera es presente de forma fragmentaria a lo largo de las regueras y canales y bordes de prados de la laguna, con la presencia de fresnos, alisos, sauces cenizos y sauces. De todas maneras, los bosques de ribera más lozanos y bien conservados se sitúan en las rieras de las cercanías, como la riera de Vallcanera.
El relieve ondulado y la variedad de microclimas y de suelos de las tierras próximas permiten que en el entorno del Estany de Sils se desarrolle una vegetación muy variada, donde se alternan elementos centroeuropeos y mediterráneos, con robledas, alcornocales, pinares, brotas y prados secos.
