La vegetació de ribera és present de forma fragmentària al llarg dels recs i canals i vores de prats de l'estany, amb la presència de freixes, verns, gatells i salzes. De tota manera els boscos de ribera més esponerosos i ben conservats se situen a les rieres de les rodalies, com la riera de Vallcanera.
El relleu ondulat i la varietat de microclimes i de sòls de les terres properes permeten que a l'entorn de l'Estany de Sils es desenvolupi una vegetació molt variada, on s'alternen elements centreeuropeus i mediterranis, amb rouredes, suredes, pinedes, brolles i prats secs.